Resultado da pesquisa (6)

Termo utilizado na pesquisa sequencing

#1 - Outbreak of cutaneous form of avian poxvirus disease in previously pox-vaccinated commercial turkeys

Abstract in English:

This study describes an outbreak of avian poxvirus disease in previously pox-vaccinated turkeys in Brazil. The turkeys had suggestive gross lesions of cutaneous avian poxvirus in the skin of the head and cervical area without changes in the flock mortality rates. In the slaughterhouse, 30 carcasses were removed from the slaughter line to collect tissue from cutaneous lesions for histological analyses and characterization of the virus. The virus was identified by conventional polymerase chain reaction (PCR) and subsequent gene sequencing. Acanthosis, hyperkeratosis, and hydropic degeneration were seen on skin histopathology. Eosinophilic intracytoplasmic inclusion bodies (Bollinger) on keratinocytes were observed in 46.6% of the samples. Avian poxvirus DNA was detected on PCR in 83.3% of the total samples. PCR associated with histopathology had 93.3% of positivity for avian poxvirus. In the phylogenetic study, samples show 100% matching suggesting that the outbreak occurred by a single viral strain and was different from those strains affecting other wild birds such as canaries and sparrows. A single mutation (Adenine for Guanine) was detected in our study’s strain and in the strains of turkey, chickens, and vaccine strains published in GenBank. Also, when the sequence strain of the present study and sequences from GenBank of canarypox and sparrowpox strains were aligned, a Thymine was found replacing the Adenine or Guanine. The in ovo vaccination method as single-use in turkeys of this study apparently did not provide adequate protection against avianpox disease, but additional vaccination administered by wing-web when turkeys were 45-60 days old in the new flocks controlled the disease. In the subsequent year, new cases of this disease were not found. It was not possible to confirm the source of the virus strain, but infection with a field strain derived from chickens is one possibility, considering the poultry farm population in the area and biosecurity aspects. For wide characterization of avipoxvirus and differentiation among strains, the complete sequence of the viral genome is required.

Abstract in Portuguese:

Este estudo descreve um surto de bouba aviária em perus previamente vacinados contra poxvirus aviário no Brasil. Os perus apresentaram lesões macroscópicas, sugestivas de bouba aviaria cutânea, na pele da cabeça e região cervical sem alteração nas taxas de mortalidade do lote. No abatedouro, 30 carcaças foram retiradas da linha de abate para coleta de dois fragmentos de pele com lesões para análise histológica e caracterização do vírus. A identificação do vírus foi realizada por PCR convencional e posterior sequenciamento. No exame histopatológico das lesões de pele, houve acantose, hiperqueratose e degeneração hidrópica. Corpúsculos de inclusão intracitoplasmáticos eosinofílicos (Bollinger) foram encontrados em 46,6% das amostras. A técnica de PCR detectou o DNA do vírus da bouba aviária em 83,3% do total de amostras. PCR associado com a histopatologia resultou em 93,3% de positividade para o vírus da bouba aviária. No estudo filogenético, as sequências resultaram em 100% de identidade, sugerindo que o surto ocorreu por uma única estirpe de vírus diferenciada das outras estirpes que acometem canários e pardais. Uma única mutação (Adenina para Guanina) foi detectada nas estirpes deste estudo e nas sequências de perus, galinhas e estirpes vacinais publicadas no GenBank. Além disso, quando a sequência da estirpe do presente estudo e as sequências das estirpes de canarypox e sparrowpox foram comparadas, a Timina foi encontrada em substituição a Adenina ou Guanina. A vacinação in ovo em dose única utilizada nos perus deste estudo aparentemente não forneceu proteção adequada contra a doença causada pelo poxvirus aviário. Entretanto, a revacinação na membrana da asa em perus com 45-60 dias de idade dos novos lotes controlou a doença. No ano subsequente, novos casos desta doença não foram registrados. Não foi possível confirmar a origem da estirpe viral, mas estirpes de campo oriundas de galinhas seria uma possibilidade, considerando a população na área e os aspectos de biosseguridade. Para caracterização ampla do avipoxvirus e diferenciação entre as estirpes, a sequência completa do genoma viral é requerida.


#2 - Detection of natural occurrence of Tritrichomonas foetus in cats in Araçatuba, São Paulo, Brazil

Abstract in English:

The aim of this study was to investigate the occurrence of Tritrichomonas foetus in cats in the area surrounding the city of Araçatuba municipality, State of São Paulo, Brazil. Fecal samples from 129 cats were collected by rectal flush technique. It was compared two diagnosis methods, direct examination of feces and PCR. The presence of T. foetus DNA was verified using PCR by amplification of 347-bp fragment from the primers TFR3 and TFR4 and amplicons of positive cases were sequenced. Statistical analyses were performed investigating the associations between T. foetus infection with gender, age, breed, presence of diarrhea and/or history of diarrhea, previous treatment, lifestyle, origin, environment, and co-infection. T. foetus was observed in one sample (n=129) by direct microscopic examination of feces while PCR was positive in five samples (3.9%). Giardia species and Cryptosporidium species co-infection was also observed. Statistical analyses showed no significant associations between T. foetus infection and all listed factors, although most positive cats were asymptomatic and lived in multi-cat household. The isolates of T. foetus showed 100% identical sequences with other T. foetus isolates from cats around the world. So, the occurrence of T. foetus was confirmed in cats in Araçatuba city (Brazil). This parasite must be considered as a differential diagnosis in cats with diarrhea and also in asymptomatic carriers as source of infection in multi-cat environments.

Abstract in Portuguese:

O objetivo deste estudo foi investigar a ocorrência de Tritrichomonas foetus em gatos na região do município de Araçatuba, SP, Brasil. Foram coletadas amostras fecais de 129 gatos através da técnica de lavado retal. Dois métodos diagnósticos foram comparados, o exame direto das fezes e a PCR. A presença de DNA de T. foetus foi verificada por meio da PCR através da amplificação de 347 pares de bases a partir dos iniciadores específicos TFR3 e TFR4. Posteriormente, os resultados amplificados das amostras positivas foram sequenciadas. Também foi feita análise estatística a fim de investigar a correlação entre infecção por T. foetus e sexo, idade, raça, presença e/ou histórico de diarreia, tratamento prévio, coinfecção, estilo de vida, origem e tipo de ambiente. O protozoário pôde ser observado em uma amostra através do exame direto das fezes e à PCR foram detectadas cinco amostras positivas (3.9%). Foram detectadas coinfecções por Giardia spp. e Cryptosporidium spp. Não foram observadas correlações entre infecção por T. foetus e todos os fatores listados anteriormente, embora a maioria dos felinos positivos fossem assintomáticos e vivessem em ambientes multigatos. O resultado do sequenciamento genético dos isolados das amostras positivas mostrou 100% de similaridade com outros isolados de felinos no mundo. Assim, a ocorrência de T. foetus foi confirmada em gatos em Araçatuba, São Paulo, Brasil. Sendo assim, o parasito deve considerado como diagnóstico diferencial em gatos com diarreia assim como em portadores assintomáticos como fontes de infecção em ambientes multigatos.


#3 - Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods, 33(4):417-422

Abstract in English:

ABSTRACT.- Moura C., Tiba M.R., Silva M.J. & Leite D.S. 2013. Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods. Pesquisa Veterinária Brasileira 33(4):417-422. Universidade Paulista, Av. Armando Giassetti 577, Vila Hortolândia, Trevo Itu/Itatiba, Jundiaí, SP 13214-525, Brazil. E-mail: cmoura.bio@gmail.com Identification of Escherichia coli requires knowledge regarding the prevalent serotypes and virulence factors profiles allows the classification in pathogenic/non-pathogenic. However, some of these bacteria do not express flagellar antigen in vitro. In this case the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) and sequencing of the fliC may be suitable for the identification of antigens by replacing the traditional serology. We studied 17 samples of E. coli isolated from animals and presenting antigen H nontypeable (HNT). The H antigens were characterized by PCR-RFLP and sequencing of fliC gene. Three new flagellin genes were identified, for which specific antisera were obtained. The PCR-RFLP was shown to be faster than the serotyping H antigen in E. coli, provided information on some characteristics of these antigens and indicated the presence of new genes fliC.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Moura C., Tiba M.R., Silva M.J. & Leite D.S. 2013. Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods. [Identificação de novas flagelinas codificadas por fliC em Escherichia coli isoladas de animais domésticos utilizando RFLP-PCR e sequenciamento.] Pesquisa Veterinária Brasileira 33(4):417-422. Universidade Paulista, Av. Armando Giassetti 577, Vila Hortolândia, Trevo Itu/Itatiba, Jundiaí, SP 13214-525, Brazil. E-mail: cmoura.bio@gmail.com A identificação da Escherichia coli requer conhecimento sobre os sorotipos e fatores de virulência prevalentes permitindo a classificação em patogênico/não patogênico. No entanto, algumas destas bactérias não expressam o antígeno flagelar in vitro. Neste caso, o PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) e o sequenciamento do gene fliC podem ser adequados para a identificação desses antígenos, substituindo a sorologia tradicional. Nesta pesquisa foram estudadas 17 amostras de E. coli isoladas de animais e que apresentavam antígeno H não tipável (HNT). Os antígenos H foram caracterizados por PCR-RFLP e sequenciamento do gene fliC. Três novos genes da flagelina foram identificados, para os quais anti-soros específicos foram obtidos. A técnica PCR-RFLP mostrou-se mais rápida que a sorotipagem do antígeno H em E. coli, fornecendo informações sobre algumas características desses antígenos e indicou a presença de novos genes fliC.


#4 - Sequencing and expression analysis of hepcidin mRNA in donkey (Equus asinus) liver, 32(10):1050-1054

Abstract in English:

ABSTRACT.- Oliveira-Filho J.P., Marques J.A., Cunha P.H.J., Medeiros G.X., Riet-Correa F., Machado V.M.V. & Borges A.S. 2012. Sequencing and expression analysis of hepcidin mRNA in donkey (Equus asinus) liver. Pesquisa Veterinária Brasileira 32(10):1050-1054. Departamento de Clínica Veterinária, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Estadual Paulista, Campus de Botucatu, Distrito de Rubião Júnior s/n, Botucatu, SP 18618-000, Brazil. E-mail: asborges@fmvz.unesp.br The hypoferremia that is observed during systemic inflammatory processes is mediated by hepcidin, which is a peptide that is mainly synthesized in the livers of several mammalian species. Hepcidin plays a key role in iron metabolism and in the innate immune system. It’s up-regulation is particularly useful during acute inflammation, and it restricts the iron availability that is necessary for the growth of pathogenic microorganisms. In this study, the hepcidin mRNA of Equus asinus has been characterized, and the expression of donkey hepcidin in the liver has been determined. The donkey hepcidin sequence has an open reading frame (ORF) of 261 nucleotides, and the deduced corresponding protein sequence has 86 amino acids. The amino acid sequence of donkey hepcidin was most homologous to Equus caballus (98%). The mature donkey hepcidin sequence (25 amino acids) was 100% homologous to the equine mature hepcidin and has eight conserved cysteine residues that are found in all of the investigated hepcidin sequences. The expression profile of donkey hepcidin in the liver was high and was similar to the reference gene expression. The donkey hepcidin sequence was deposited in GenBankTM (HQ902884) and may be useful for additional studies on iron metabolism and the inflammatory process in this species.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Oliveira-Filho J.P., Marques J.A., Cunha P.H.J., Medeiros G.X., Riet-Correa F., Machado V.M.V. & Borges A.S. 2012. Sequencing and expression analysis of hepcidin mRNA in donkey (Equus asinus) liver. Pesquisa Veterinária Brasileira 32(10):1050-1054. Departamento de Clínica Veterinária, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade Estadual Paulista, Campus de Botucatu, Distrito de Rubião Júnior s/n, Botucatu, SP 18618-000, Brazil. E-mail: asborges@fmvz.unesp.br A hipoferremia observada durante os processos inflamatórios sistêmicos é mediada pela hepcidina, um peptídeo que é sintetizado predominantemente no fígado de mamíferos. A hepcidina desempenha um papel chave no metabolismo do ferro e no sistema imune. O aumento da expressão da hepcidina é particularmente útil durante a inflamação aguda, pois restringe a disponibilidade de ferro, necessária para o crescimento de microorganismos patogênicos. Neste estudo, o RNA mensageiro da hepcidina asinina foi caracterizado e sua expressão foi determinada em fígado de jumentos (Equus asinus). A sequência da hepcidina asinina tem uma janela de leitura de 261 nucleotídeos e a proteína correspondente é formada por 86 aminoácidos. A sequência de aminoácidos da hepcidina asinina foi mais homóloga à sequência da hepcidina equina (98%). A hepcidina madura (25 aminoácidos) foi 100% idêntica à hepcidina madura equina e possuía as oito cisteínas conservadas nas demais sequências de hepcidinas analisadas. O perfil de expressão da hepcidina no fígado de jumentos saudáveis foi alto e similar ao perfil de expressão do gene de referência. A sequência da hepcidina asinina foi depositada no GenBankTM (HQ902884) e será útil para o desenvolvimento de estudos adicionais sobre o metabolismo de ferro e inflamação nesta espécie.


#5 - Identification of Staphylococcus strains isolated from bovine mastitis by PCR and 16S rDNA sequencing, 31(1):36-40

Abstract in English:

ABSTRACT.- Lange C.C., Brito M.AV.P., Brito J.R.F., Arcuri E.F., Souza G.N., Machado M.A., Domingues R. & Salimena A.P.S. 2011. [Identification of Staphylococcus strains isolated from bovine mastitis by PCR and 16S rDNA sequencing.] Uso de PCR e sequenciamento do rDNA 16S para identificação de bactérias do gênero Staphylococcus isoladas de mastite bovina. Pesquisa Veterinária Brasileira 31(1):36-40. Embrapa Gado de Leite, Rua Eugênio do Nascimento 610, Juiz de Fora, MG 36030-330, Brazil. E-mail: clange@cnpgl.embrapa.br The objective of this study was to identify the species of 100 isolates of Staphylococcus from mastitis in dairy cows from herds located in the state of Minas Gerais, Brazil. PCR reactions were carried out using specific primers described previously for S. aureus (femA gene), S. intermedius (16S rDNA) and S. hyicus (16S-23S rDNA spacer region). In addition, products of amplification of variable regions of the 16S rDNA gene of the strains were sequenced. According to the results of the PCR, 83 strains were identified as S. aureus, 13 as S. intermedius, two as S. hyicus and two isolates were not identified. The sequencing of 16S rDNA was applied to 23 strains identified by PCR amplifications: six S. aureus and the strains identified as S. intermedius (n=13), S. hyicus (n=2) or not identified (n=2). The sequencing of 16S rDNA confirmed the six strains as S. aureus. The others 17 strains were identified as S. chromogenes (13 isolates) and S. hyicus (four isolates). Each sample was related to a specie according to the smallest E-value and highest similarity (³ 99%). The identification of S. hyicus and S. chromogenes was accomplished only by 16S rDNA sequencing.

Abstract in Portuguese:

RESUMO.- Lange C.C., Brito M.AV.P., Brito J.R.F., Arcuri E.F., Souza G.N., Machado M.A., Domingues R. & Salimena A.P.S. 2011. [Identification of Staphylococcus strains isolated from bovine mastitis by PCR and 16S rDNA sequencing.] Uso de PCR e sequenciamento do rDNA 16S para identificação de bactérias do gênero Staphylococcus isoladas de mastite bovina. Pesquisa Veterinária Brasileira 31(1):36-40. Embrapa Gado de Leite, Rua Eugênio do Nascimento 610, Juiz de Fora, MG 36030-330, Brazil. E-mail: clange@cnpgl.embrapa.br O objetivo deste trabalho foi identificar espécies de Staphylococcus (n=100) isoladas de mastite em rebanhos bovinos do Estado de Minas Gerais. Para esta finalidade foram utilizadas reações de PCR empregando oligonucleotídeos iniciadores descritos anteriormente para amplificar genes específicos de S. aureus (femA), S. intermedius (rDNA 16S) e S. hyicus (rDNA 16S-23S) e o sequenciamento do rDNA 16S. De acordo com as reações de PCR, 83 isolados foram identificados como S. aureus, 13 isolados como S. intermedius, dois como S. hyicus e dois isolados não foram identificados. Foram submetidos ao sequenciamento do rDNA 16S seis isolados identificados como S. aureus e os 17 restantes. Os seis isolados identificados como S. aureus confirmaram essa identificação. Dos outros 17 isolados, 13 foram identificados como S. chromogenes e quatro como S. hyicus, com similaridade igual ou superior a 99%. Baseando-se nos resultados da reação de PCR do gene femA e do sequenciamento do rDNA 16S, foram identificados 83 S. aureus, 13 S. chromogenes e quatro S. hyicus. Neste estudo os oligonucleotídeos iniciadores empregados na reação de PCR para S. intermedius não foram específicos, pois amplificaram também S. chromogenes; e os empregados na reação de PCR para S. hyicus não foram sensíveis, pois falharam na identificação de dois isolados de S. hyicus. A identificação definitiva das duas últimas espécies somente foi possível pelo sequenciamento do rDNA 16S.


#6 - Genetic characterization of Brazilian bovine viral diarrhea virus isolates by partial nucleotide sequencing of the 5’-UTR region

Abstract in English:

ABSTRACT.- Cortez A., Heinemann M.B., Castro A.M.M.G., Soares M.S, Pinto A.M.V., Alfieri A.A., Flores E.F., Leite R.C. & Richtzenhain L.J. 2006. Genetic characterization of Brazilian bovine viral diarrhea virus isolates by partial nucleotide sequencing of the 5’-UTR region. Pesquisa Veterinária Brasileira 26(4):211-216. Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Dr. Orlando Marques de Paiva 87, Cidade Universitária, São Paulo, SP 05508-000, Brazil. E-mail: leonardo@usp.br Nineteen isolates of bovine viral diarrhea virus (BVDV) from Brazil were genetically characterized through partial nucleotide sequencing and analysis of the 5’UTR region. The isolates were grouped as BVDV-1 (11/19), BVDV-2 (6/19) or “atypical” pestivirus (2/19). Among the BVDV-1, eight isolates were classified as subgenotype BVDV-1a, whereas most (4 out of 6) BVDV-2 belonged to subgenotype 2b. Two isolates from aborted fetuses were not classified into any genetic group, being considered atypical BVDVs. Genetic diversity among Brazilian BVDV isolates may be responsible for vaccination and diag-nostic failure and therefore may influence the control strategies for BVDV infection in the country.

Abstract in Portuguese:

ABSTRACT.- Cortez A., Heinemann M.B., Castro A.M.M.G., Soares M.S, Pinto A.M.V., Alfieri A.A., Flores E.F., Leite R.C. & Richtzenhain L.J. 2006. Genetic characterization of Brazilian bovine viral diarrhea virus isolates by partial nucleotide sequencing of the 5’-UTR region. Pesquisa Veterinária Brasileira 26(4):211-216. Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, Av. Prof. Dr. Orlando Marques de Paiva 87, Cidade Universitária, São Paulo, SP 05508-000, Brazil. E-mail: leonardo@usp.br Nineteen isolates of bovine viral diarrhea virus (BVDV) from Brazil were genetically characterized through partial nucleotide sequencing and analysis of the 5’UTR region. The isolates were grouped as BVDV-1 (11/19), BVDV-2 (6/19) or “atypical” pestivirus (2/19). Among the BVDV-1, eight isolates were classified as subgenotype BVDV-1a, whereas most (4 out of 6) BVDV-2 belonged to subgenotype 2b. Two isolates from aborted fetuses were not classified into any genetic group, being considered atypical BVDVs. Genetic diversity among Brazilian BVDV isolates may be responsible for vaccination and diag-nostic failure and therefore may influence the control strategies for BVDV infection in the country.


Colégio Brasileiro de Patologia Animal SciELO Brasil CAPES CNPQ UNB UFRRJ CFMV